O primeiro contato dos nativos de Morro de São Paulo com o homem civilizado deu-se a 29 de junho de 1535, quando desembarcou com a sua comitiva, em três navios, o fidalgo Espanhol Francisco Romero, lugar-tenente de Jorge Figueredo Corrêa, donatário da Capitania de Ilhéus.

O decorrer dos anos pontilhou a história de Morro de São Paulo com episódios de guerras e eventos únicos, como a guerra dos Aymorés (índios extremamente ferozes) e a Invasão Holandesa na Bahia (motivo principal da construção da Fortaleza), além da passagem de D. Pedro I que, com a Marquesa de Santos, banhou-se na "Fonte Grande", também conhecida como Fonte do Céu.

O Morro de São Paulo, que integra o Município de Cairu, fica situado na zona fisiográfica cacaueira, no baixo sul do estado. O povoado faz parte do Distrito da Gamboa, Ilha de Tinharé. Além da Ilha de Tinharé, compõem o arquipélago de Cairu mais 26 ilhas, sendo habitadas apenas as Ilhas de Tinharé, Cairu (ligada ao continente através de uma ponte) e Boipeba.